Difference between revisions of "Kinetic parameters for COVID-19 models"

From BioUML platform
Jump to: navigation, search
(Created page with "<span style="font-size:120%;"> COVID-19 parameters for Nasopharynx </span> <center> {| class="wikitable" !Имя параметра!!Расшифровка!!Значение!...")
 
Line 1: Line 1:
<span style="font-size:120%;"> COVID-19 parameters for Nasopharynx </span>
+
<span style="font-size:120%; bold;"> COVID-19 parameters for Nasopharynx </span>
  
 
<center>
 
<center>

Revision as of 12:11, 20 July 2021

COVID-19 parameters for Nasopharynx

Имя параметра Расшифровка Значение Единицы измерения Источник
K_virus_appear начальная доза вируса или количество вирионов на единицу объема
K_virus_degradation константа скорости "естественной" деградации (диссипация) вируса 0.7957 d^-1 значение взято как среднее значений из https://doi.org/10.1073/pnas.2017962118
K_ACE2_regeneration константа скорости регенерации ACE2-клеток 0.57 fmol/ml/h это значение для легких взято из Voutouri et al., 2021, PNAS; https://doi.org/10.1073/pnas.2021642118, есть также значение 7x 10-3 измеряемое в mM/min взято из https://doi.org/10.1073/pnas.2021642118
K_infection_ACE2 константа скорости инфицирования "здоровых" ACE2-клеток 136000.0 1/M/s взято для кишечника из Voutouri et al., 2021, PNAS; https://doi.org/10.1073/pnas.2021642118, еще есть значение 17 ml/h/nmol взято для кишечника из Voutouri et al., 2021, PNAS; https://doi.org/10.1073/pnas.2021642118
K_activation_ACE2_inf_unpackage_by_T_killer пороговая концентрация T-killer клеток (CD8-CD3, далее T-killer), при которой активируется "распаковка" (разрушение) инфицированных ACE2-клеток - образование новых SARS-CoV-2 вирионов
K_death_ACE2infected константа скорости "естественной" гибели инфицированных ACE2-клеток в легких и кишечнике различается в 10 раз
K_death_ACE2infected_with_Tkiller константа скорости деградации инфицированных ACE2-клеток при помощи T-killer клеток
K_inh_by_ACE2_infected пороговое количество инфицированных ACE2-клеток, при котором они начинают ингибировать регенерацию ACE2-клеток
K_saturation_ACE2_inf_unpackage_by_T_killer пороговая концентрация T-killer клеток, при которой происходит насыщение их активирующего воздействия на "распаковку" инфицированных ACE2-клеток
K_unpackage_ACE2_infected константа скорости "распаковки" инфицированных ACE2-клеток или скорость высвобождения нового вируса в соответствующем компартменте организма 0.0076 1/min www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.2021642118
K_Tkiller_appear константа скорости образования T-killer клеток 5-7 дней
K_Tkiller_death константа скорости "естественной" гибели T-killer клеток 14 дней
K_inh_Tkiller_by_inflammation пороговая концентрация "агента" воспаления, при которой он подавляет появление новых T-killer клеток
K_inh_Tkiller_by_virus пороговая концентрация вируса, при которой он подавляет появление новых T-killer клеток
K_T4helper_appear константа скорости образования T4-helper (CD4-CD3, далее T4-helper) клеток
K_T4helper_death константа скорости "естественной" гибели T4-helper клеток 2 недели, кроме клеток памяти, но зависит от воспаления
K_act_T4helper_by_inflammation пороговая концентрация "агента" воспаления, при которой он активирует производство T4-helper клеток
K_act_T4helper_by_virus пороговая концентрация вируса, при которой он активирует производство T4-helper клеток
K_act_degradation_T4helper_by_virus пороговая концентрация вируса, при которой он активирует деградацию T4-helper клеток
K_diff_T4_helper константа скорости дифференцировки T4-helper клеток в T-killer 0.00254 1/h взято для кишечника из Estimate Lai, X Friedman A.
K_sat_T4helper_by_inflammation пороговая концентрация "агента" воспаление, при которой происходит насыщение его активирующего воздействия на производство T4-helper клеток
K_sat_T4helper_by_virus пороговая концентрация вируса, при которой происходит насыщение его активирующего воздействия на производство T4-helper клеток
K_sat_degradation_T4helper_by_virus пороговая концентрация вируса, при которой происходит насыщение его активирующего воздействия на деградацию T4-helper клеток
K_diff_naiveB_into_activeB_cells константа скорости дифференцировки наивных В-клеток в функционально активные B-клетки (продуцирующие антитела IgM, IgG, IgA) неделя; на два дня дольше, чем Т клетки
K_inh_naiveB_cells_by_inflammation пороговая концентрация "агента" воспаления, при которой он подавляет производство наивных В-клеток
K_inh_naiveB_cells_by_virus пороговая концентрация вируса, при которой он подавляет производство наивных В-клеток
K_naiveB_cells_appear константа скорости образования наивных В-клеток при активации антиген-презентрирующих сайтов (далее АПС)
K_naiveB_cells_death константа скорости "естественной" гибели наивных В-клеток две недели
psi_B_naive константа скорости пролиферации наивных B-клеток
K_act_activeB_cells_by_T4_helper пороговая концентрация T4-helper клеток, при которой они начинают активировать производство функционально активных В-клеток
K_act_death_activeB_cells_by_inflammation пороговая концентрация "агента" воспаления, при которой он активирует деградацию функционально активных В-клеток
K_act_death_activeB_cells_by_virus пороговая концентрация вируса, при которой он активирует деградацию функционально активных В-клеток
K_activated_B_cells_death константа скорости "естественной" гибели функционально активных В-клеток
K_inh_activeB_cells_by_virus пороговая концентрация вируса, при которой он ингибирует дифференцировку наивных B-клеток в функционально активные
K_sat_activeB_cells_by_T4_helper пороговая концентрация T4-helper клеток, при которой происходит насыщение их активирующего воздействия на дифференцировку наивных B-клеток в функционально активные
K_sat_activeB_cells_by_inflammation пороговая концентрация "агента" воспаления, при которой происходит насыщение его активирующего воздействия на деградацию функционально активных B-клеток
K_sat_activeB_cells_by_virus пороговая концентрация вируса, при которой происходит насыщение его активирующего воздействия на деградацию функционально активных B-клеток
K_act_Sa константа конститутивной скорости активации АПС
K_psi пороговая концентрация вируса, при которой происходит активации АПС
sigma_S_a константа скорости диссипации АПС зависит от воспаления и частоты контактов с СD4 CD21
sigma_m эффективность активации АПС вирусом, в связанном с антителом состоянии
K_IgA_death константа скорости деградации IgA 1.5 месяц в таблице нет референса
K_IgA_income константа скорости продукции IgA функционально активными В-клетками 100.0 pg/cell/day The Journal of Immunology (jimmunol.org)
K_bind_IgA константа связывания вируса с IgA
K_unbind_IgA константа диссоциации комплекса вируса-IgA
K_IgM_death константа скорости деградации IgM
K_IgM_income константа скорости продукции IgМ функционально активными В-клетками 40
K_bind_IgM константа связывания вируса с IgM
K_unbind_IgM константа диссоциации комплекса вируса-IgM
K_IgG_death константа скорости деградации IgG 1.5 месяц
K_IgG_income константа скорости продукции IgG функционально активными В-клетками 200
K_bind_IgG константа связывания вируса с IgG
K_unbind_IgG константа диссоциации комплекса вируса-IgG
K_act_inflam_by_IgG пороговая концентрация IgG, при которой происходит активация процесса воспаления линейная зависимость
K_act_inflam_by_IgM пороговая концентрация IgМ, при которой происходит активация процесса воспаления тоже линейная зависимость
K_inflammation константа конститутивной скорости процесса воспаленения (без учета активирующего воздействия антителами)
K_inflammation_death константа скорости диссипации "агента" воспаления выведение провоспалительных цитокинов почками обычно за 8-12 часов
K_inh_inflam_by_IgA пороговая концентрация IgA, при которой они ингибируют процесс воспаления а это лучше увязать через вирусную нагрузку ане ингибирование процесса воспаления
K_FOXP3_activated_death константа скорости "естественной" гибели функционально активных FOXP3 клеток аналогично всем остальным клеткам кроме клетко памяти
K_FOXP3_naive_appear константа скорости пролиферации наивных FOXP3 клеток идентично всем остальным
K_diff_FOXP3_naive константа скорости дифференцировки наивных FOXP3 клеток в функционально активные варьирует от воспаления. а сроки диффренцировки идентичны с остальными клетками, различается множественность пролиферации
K_inh_FOXP3_by_inflammation пороговая концентрация "агента" воспаления, при которой он ингибирует дифференцировку наивных FOXP3 клеток в функционально активные
B_0 начальная концентрация наивных B-клеток 10-40 тыс на эпитоп
S_0 суммарное количество неактивных (S_n) и активных (S_a) АПС
area of mucinous площадь слизистой, без учета желез и многослойности эпителия 0.2 m2


COVID-19 parameters for Lung

Имя параметра Расшифровка Значение Единицы измерения Источник
K_virus_appear начальная доза вируса или количество вирионов на единицу объема
K_virus_degradation константа скорости "естественной" деградации (диссипация) вируса 0.7957 d^-1 значение взято как среднее значений из https://doi.org/10.1073/pnas.2017962118
K_ACE2_regeneration константа скорости регенерации ACE2-клеток 0.57 fmol/ml/h это значение для легких взято из Voutouri et al., 2021, PNAS; https://doi.org/10.1073/pnas.2021642118, есть также значение 7x 10-3 измеряемое в mM/min взято из https://doi.org/10.1073/pnas.2021642118
K_infection_ACE2 константа скорости инфицирования "здоровых" ACE2-клеток 136000.0 1/M/s взято для кишечника из Voutouri et al., 2021, PNAS; https://doi.org/10.1073/pnas.2021642118, еще есть значение 17 ml/h/nmol взято для кишечника из Voutouri et al., 2021, PNAS; https://doi.org/10.1073/pnas.2021642118
K_activation_ACE2_inf_unpackage_by_T_killer пороговая концентрация T-killer клеток (CD8-CD3, далее T-killer), при которой активируется "распаковка" (разрушение) инфицированных ACE2-клеток - образование новых SARS-CoV-2 вирионов
K_death_ACE2infected константа скорости "естественной" гибели инфицированных ACE2-клеток
K_death_ACE2infected_with_Tkiller константа скорости деградации инфицированных ACE2-клеток при помощи T-killer клеток
K_inh_by_ACE2_infected пороговое количество инфицированных ACE2-клеток, при котором они начинают ингибировать регенерацию ACE2-клеток
K_saturation_ACE2_inf_unpackage_by_T_killer пороговая концентрация T-killer клеток, при которой происходит насыщение их активирующего воздействия на "распаковку" инфицированных ACE2-клеток
K_unpackage_ACE2_infected константа скорости "распаковки" инфицированных ACE2-клеток или скорость высвобождения нового вируса в соответствующем компартменте организма 0.0076 1/min www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.2021642118
K_Tkiller_appear константа скорости образования T-killer клеток
K_Tkiller_death константа скорости "естественной" гибели T-killer клеток
K_inh_Tkiller_by_inflammation пороговая концентрация "агента" воспаления, при которой он подавляет появление новых T-killer клеток
K_inh_Tkiller_by_virus пороговая концентрация вируса, при которой он подавляет появление новых T-killer клеток
K_T4helper_appear константа скорости образования T4-helper (CD4-CD3, далее T4-helper) клеток
K_T4helper_death константа скорости "естественной" гибели T4-helper клеток
K_act_T4helper_by_inflammation пороговая концентрация "агента" воспаления, при которой он активирует производство T4-helper клеток
K_act_T4helper_by_virus пороговая концентрация вируса, при которой он активирует производство T4-helper клеток
K_act_degradation_T4helper_by_virus пороговая концентрация вируса, при которой он активирует деградацию T4-helper клеток
K_diff_T4_helper константа скорости дифференцировки T4-helper клеток в T-killer 0.00254 1/h взято для кишечника из Estimate Lai, X Friedman A.
K_sat_T4helper_by_inflammation пороговая концентрация "агента" воспаление, при которой происходит насыщение его активирующего воздействия на производство T4-helper клеток
K_sat_T4helper_by_virus пороговая концентрация вируса, при которой происходит насыщение его активирующего воздействия на производство T4-helper клеток
K_sat_degradation_T4helper_by_virus пороговая концентрация вируса, при которой происходит насыщение его активирующего воздействия на деградацию T4-helper клеток
K_diff_naiveB_into_activeB_cells константа скорости дифференцировки наивных В-клеток в функционально активные B-клетки (продуцирующие антитела IgM, IgG, IgA)
K_inh_naiveB_cells_by_inflammation пороговая концентрация "агента" воспаления, при которой он подавляет производство наивных В-клеток
K_inh_naiveB_cells_by_virus пороговая концентрация вируса, при которой он подавляет производство наивных В-клеток
K_naiveB_cells_appear константа скорости образования наивных В-клеток при активации антиген-презентрирующих сайтов (далее АПС)
K_naiveB_cells_death константа скорости "естественной" гибели наивных В-клеток
psi_B_naive константа скорости пролиферации наивных B-клеток
K_act_activeB_cells_by_T4_helper пороговая концентрация T4-helper клеток, при которой они начинают активировать производство функционально активных В-клеток
K_act_death_activeB_cells_by_inflammation пороговая концентрация "агента" воспаления, при которой он активирует деградацию функционально активных В-клеток
K_act_death_activeB_cells_by_virus пороговая концентрация вируса, при которой он активирует деградацию функционально активных В-клеток
K_activated_B_cells_death константа скорости "естественной" гибели функционально активных В-клеток
K_inh_activeB_cells_by_virus пороговая концентрация вируса, при которой он ингибирует дифференцировку наивных B-клеток в функционально активные
K_sat_activeB_cells_by_T4_helper пороговая концентрация T4-helper клеток, при которой происходит насыщение их активирующего воздействия на дифференцировку наивных B-клеток в функционально активные
K_sat_activeB_cells_by_inflammation пороговая концентрация "агента" воспаления, при которой происходит насыщение его активирующего воздействия на деградацию функционально активных B-клеток
K_sat_activeB_cells_by_virus пороговая концентрация вируса, при которой происходит насыщение его активирующего воздействия на деградацию функционально активных B-клеток
K_act_Sa константа конститутивной скорости активации АПС
K_psi пороговая концентрация вируса, при которой происходит активации АПС
sigma_S_a константа скорости диссипации АПС
sigma_m эффективность активации АПС вирусом, в связанном с антителом состоянии
K_IgA_death константа скорости деградации IgA 1.5 месяц в таблице нет референса
K_IgA_income константа скорости продукции IgA функционально активными В-клетками 100.0 pg/cell/day The Journal of Immunology (jimmunol.org)
K_bind_IgA константа связывания вируса с IgA
K_unbind_IgA константа диссоциации комплекса вируса-IgA
K_IgM_death константа скорости деградации IgM
K_IgM_income константа скорости продукции IgМ функционально активными В-клетками
K_bind_IgM константа связывания вируса с IgM
K_unbind_IgM константа диссоциации комплекса вируса-IgM
K_IgG_death константа скорости деградации IgG 1.5 месяц в таблице нет референса
K_IgG_income константа скорости продукции IgG функционально активными В-клетками
K_bind_IgG константа связывания вируса с IgG
K_unbind_IgG константа диссоциации комплекса вируса-IgG
K_act_inflam_by_IgG пороговая концентрация IgG, при которой происходит активация процесса воспаления
K_act_inflam_by_IgM пороговая концентрация IgМ, при которой происходит активация процесса воспаления
K_inflammation константа конститутивной скорости процесса воспаленения (без учета активирующего воздействия антителами)
K_inflammation_death константа скорости диссипации "агента" воспаления
K_inh_inflam_by_IgA пороговая концентрация IgA, при которой они ингибируют процесс воспаления
K_FOXP3_activated_death константа скорости "естественной" гибели функционально активных FOXP3 клеток
K_FOXP3_naive_appear константа скорости пролиферации наивных FOXP3 клеток
K_diff_FOXP3_naive константа скорости дифференцировки наивных FOXP3 клеток в функционально активные
K_inh_FOXP3_by_inflammation пороговая концентрация "агента" воспаления, при которой он ингибирует дифференцировку наивных FOXP3 клеток в функционально активные
B_0 начальная концентрация наивных B-клеток
S_0 суммарное количество неактивных (S_n) и активных (S_a) АПС
area of respiratory epithelium площадь респираторного эпителия 80 м2


COVID-19 parameters for Intestine

Имя параметра Расшифровка Значение Единицы измерения Источник
K_virus_appear начальная доза вируса или количество вирионов на единицу объема
K_virus_degradation константа скорости "естественной" деградации (диссипация) вируса 0.7957 d^-1 значение взято как среднее значений из https://doi.org/10.1073/pnas.2017962118
K_ACE2_regeneration константа скорости регенерации ACE2-клеток 0.57 fmol/ml/h это значение для легких взято из Voutouri et al., 2021, PNAS; https://doi.org/10.1073/pnas.2021642118, есть также значение 7x 10-3 измеряемое в mM/min взято из https://doi.org/10.1073/pnas.2021642118
K_infection_ACE2 константа скорости инфицирования "здоровых" ACE2-клеток 136000.0 1/M/s взято для кишечника из Voutouri et al., 2021, PNAS; https://doi.org/10.1073/pnas.2021642118, еще есть значение 17 ml/h/nmol взято для кишечника из Voutouri et al., 2021, PNAS; https://doi.org/10.1073/pnas.2021642118
K_activation_ACE2_inf_unpackage_by_T_killer пороговая концентрация T-killer клеток (CD8-CD3, далее T-killer), при которой активируется "распаковка" (разрушение) инфицированных ACE2-клеток - образование новых SARS-CoV-2 вирионов
K_death_ACE2infected константа скорости "естественной" гибели инфицированных ACE2-клеток
K_death_ACE2infected_with_Tkiller константа скорости деградации инфицированных ACE2-клеток при помощи T-killer клеток
K_inh_by_ACE2_infected пороговое количество инфицированных ACE2-клеток, при котором они начинают ингибировать регенерацию ACE2-клеток
K_saturation_ACE2_inf_unpackage_by_T_killer пороговая концентрация T-killer клеток, при которой происходит насыщение их активирующего воздействия на "распаковку" инфицированных ACE2-клеток
K_unpackage_ACE2_infected константа скорости "распаковки" инфицированных ACE2-клеток или скорость высвобождения нового вируса в соответствующем компартменте организма 0.0076 1/min www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.2021642118
K_Tkiller_appear константа скорости образования T-killer клеток
K_Tkiller_death константа скорости "естественной" гибели T-killer клеток
K_inh_Tkiller_by_inflammation пороговая концентрация "агента" воспаления, при которой он подавляет появление новых T-killer клеток
K_inh_Tkiller_by_virus пороговая концентрация вируса, при которой он подавляет появление новых T-killer клеток
K_T4helper_appear константа скорости образования T4-helper (CD4-CD3, далее T4-helper) клеток
K_T4helper_death константа скорости "естественной" гибели T4-helper клеток
K_act_T4helper_by_inflammation пороговая концентрация "агента" воспаления, при которой он активирует производство T4-helper клеток
K_act_T4helper_by_virus пороговая концентрация вируса, при которой он активирует производство T4-helper клеток
K_act_degradation_T4helper_by_virus пороговая концентрация вируса, при которой он активирует деградацию T4-helper клеток
K_diff_T4_helper константа скорости дифференцировки T4-helper клеток в T-killer 0.00254 1/h взято для кишечника из Estimate Lai, X Friedman A.
K_sat_T4helper_by_inflammation пороговая концентрация "агента" воспаление, при которой происходит насыщение его активирующего воздействия на производство T4-helper клеток
K_sat_T4helper_by_virus пороговая концентрация вируса, при которой происходит насыщение его активирующего воздействия на производство T4-helper клеток
K_sat_degradation_T4helper_by_virus пороговая концентрация вируса, при которой происходит насыщение его активирующего воздействия на деградацию T4-helper клеток
K_diff_naiveB_into_activeB_cells константа скорости дифференцировки наивных В-клеток в функционально активные B-клетки (продуцирующие антитела IgM, IgG, IgA)
K_inh_naiveB_cells_by_inflammation пороговая концентрация "агента" воспаления, при которой он подавляет производство наивных В-клеток
K_inh_naiveB_cells_by_virus пороговая концентрация вируса, при которой он подавляет производство наивных В-клеток
K_naiveB_cells_appear константа скорости образования наивных В-клеток при активации антиген-презентрирующих сайтов (далее АПС)
K_naiveB_cells_death константа скорости "естественной" гибели наивных В-клеток
psi_B_naive константа скорости пролиферации наивных B-клеток
K_act_activeB_cells_by_T4_helper пороговая концентрация T4-helper клеток, при которой они начинают активировать производство функционально активных В-клеток
K_act_death_activeB_cells_by_inflammation пороговая концентрация "агента" воспаления, при которой он активирует деградацию функционально активных В-клеток
K_act_death_activeB_cells_by_virus пороговая концентрация вируса, при которой он активирует деградацию функционально активных В-клеток
K_activated_B_cells_death константа скорости "естественной" гибели функционально активных В-клеток
K_inh_activeB_cells_by_virus пороговая концентрация вируса, при которой он ингибирует дифференцировку наивных B-клеток в функционально активные
K_sat_activeB_cells_by_T4_helper пороговая концентрация T4-helper клеток, при которой происходит насыщение их активирующего воздействия на дифференцировку наивных B-клеток в функционально активные
K_sat_activeB_cells_by_inflammation пороговая концентрация "агента" воспаления, при которой происходит насыщение его активирующего воздействия на деградацию функционально активных B-клеток
K_sat_activeB_cells_by_virus пороговая концентрация вируса, при которой происходит насыщение его активирующего воздействия на деградацию функционально активных B-клеток
K_act_Sa константа конститутивной скорости активации АПС
K_psi пороговая концентрация вируса, при которой происходит активации АПС
sigma_S_a константа скорости диссипации АПС
sigma_m эффективность активации АПС вирусом, в связанном с антителом состоянии
K_IgA_death константа скорости деградации IgA 1.5 месяц в таблице нет референса
K_IgA_income константа скорости продукции IgA функционально активными В-клетками 100.0 pg/cell/day The Journal of Immunology (jimmunol.org)
K_bind_IgA константа связывания вируса с IgA
K_unbind_IgA константа диссоциации комплекса вируса-IgA
K_IgM_death константа скорости деградации IgM
K_IgM_income константа скорости продукции IgМ функционально активными В-клетками
K_bind_IgM константа связывания вируса с IgM
K_unbind_IgM константа диссоциации комплекса вируса-IgM
K_IgG_death константа скорости деградации IgG 1.5 месяц в таблице нет референса
K_IgG_income константа скорости продукции IgG функционально активными В-клетками
K_bind_IgG константа связывания вируса с IgG
K_unbind_IgG константа диссоциации комплекса вируса-IgG
K_act_inflam_by_IgG пороговая концентрация IgG, при которой происходит активация процесса воспаления
K_act_inflam_by_IgM пороговая концентрация IgМ, при которой происходит активация процесса воспаления
K_inflammation константа конститутивной скорости процесса воспаленения (без учета активирующего воздействия антителами)
K_inflammation_death константа скорости диссипации "агента" воспаления
K_inh_inflam_by_IgA пороговая концентрация IgA, при которой они ингибируют процесс воспаления
K_FOXP3_activated_death константа скорости "естественной" гибели функционально активных FOXP3 клеток
K_FOXP3_naive_appear константа скорости пролиферации наивных FOXP3 клеток
K_diff_FOXP3_naive константа скорости дифференцировки наивных FOXP3 клеток в функционально активные
K_inh_FOXP3_by_inflammation пороговая концентрация "агента" воспаления, при которой он ингибирует дифференцировку наивных FOXP3 клеток в функционально активные
B_0 начальная концентрация наивных B-клеток
S_0 суммарное количество неактивных (S_n) и активных (S_a) АПС
area of mucinous площадь слизистой 200 м2
Personal tools
Namespaces

Variants
Actions
BioUML platform
Community
Modelling
Analysis & Workflows
Collaborative research
Development
Virtual biology
Wiki
Toolbox